کانت ومازالت دراسة الشبهات بمعنی فهمها والرد الصحیح علیها، محل اهتمام العلماء دائماً کضرورة فی الدفاع عن الدین والنظام الإسلامی. باستخدام المنهج التحلیلی، قد أجاب هذا البحث على السؤال التلی: ­ما هی أنواع مواجهة الشبهات من وجهة نظر المرشد الأعلى؟ وبناء على تصریحات قائد الثورة الإسلامیة، یمکن ­تقسیم مواجهة الشبهات إلى نوعین: سابقة ولاحقة. وأهم وسیلة للوقایة من وقوع الشبهات هی تقویة العقائد وتعزیزها على أساس إثراء العقل الشیعی، وتقدیر الحاجات المعرفیة، ومساءلة العلوم. ویمکن إجراء المواجهة اللاحقة من خلال نهجین: المعرفی والعملی. وفی النهج المعرفی، فإن المعرفة الدقیقة بالشبهات، ومثیری الشبهات، والمتعرضین للشبهات، وبیئة الشبهات لها أهمیة کبیرة. وإن الأنماط التی تحکم النهج العملی فی مواجهة الشبهات تشمل ­الترکیزَ على التخطیط، والترکیز على الخطاب مع المتفحصین، والنهج النضالی تجاه المتحیزین، والعقلانیة، واستخدام الأدوات الحدیثة. کما أن جهاد التبیین مبدأ یحکم کلا النوعین من المواجهتین السابقة واللاحقة، والتفسیر المقنع، والتجنب عن إثارة‌ الشبهة ­واستخدام أفضل التعبیر هی ضرورة فی کلا النوعین من المواجهتین. الحل الذی یقترحه الباحث، بناء على ­مطالب الإمام الخامنئی، هو إنشاء معهد بحوث لدراسة الشبهات ­فی الحوزة العلمیة، وإضافة مرکز البحوث لدراسة الشبهات إلى معاهد البحوث للعلوم الإنسانیة الموجودة من أجل الترکیز على ­أنشطة دراسة الشبهات السابقة واللاحقة والتماسک بین الأنشطة.