اخلاق و معنویت پیامبر اسلام (ص) مانند حسن خلق، صداقت، عدالت، و غیره هدف شبهات مستشرقان و مخالفان بوده است. قرآن کریم به این شبهات پاسخ داده است، و از نحوه پاسخهای قرآنی می‌توان روش‌هایی نظام‌مندی برای مواجهه با آنها کشف و ارائه کرد. این مقاله با روش توصیفی-تحلیلی و با استناد به آیات، تفاسیر قرآن و گاهی منابع دیگر، تلاش دارد تا روشهایی از قرآن در پاسخ به این دسته از شبهات کشف نماید؛ مجموعه روشهای کشف شده از این قرار است: ۱. جمع قرائن و شواهد (تواتر قرآنی-تاریخی) ۲. برهان خلف و الزام مخالف با مبنای خودش ۳. تفکیک میان احتمال فلسفی و یقین عقلائی ۴. استناد به سیره عملی پیامبر به عنوان قرینه صدق ۵. تحدی (چالش آوردن مانند قرآن) به عنوان برهان برصدق ۶. تبیین تفاوت‌های ماهوی داستان‌های قرآن با کتب پیشین ۷. توجه به پیشینه پیامبر پیش از بعثت ۸. علم لدنی و تفکیک آموزش بشری از تعلیم الهی ۹. تحلیل آثار و نتایج عملی دعوت (مقاصد الشریعة)؛ این روش‌شناسی نشان می‌دهد که دفاع قرآنی از معنویت پیامبر (ص) مبتنی بر نظامی از استدلال‌های پیشگیرانه، جدلی، اثباتی و تجربی-تاریخی است.